Felsefe öğrenimine  de başlayan Alatlı doktora çalışmalarını New Hampshire, Dartmouth College’de sürdürdü. İlâhiyat, Düşünce ve Medeniyet Tarihi üzerinde yoğunlaştı. 1974’de Türkiye’ye döndü.

İstanbul Üniversitesi İktisat Fakültesinde öğretim görevlisi, Ankara Devlet Planlama Teşkilatında kıdemli ekonomist olarak çalıştı.

California Üniversitesi (Berkeley) ile ortak psiko-dilbilim çalışmaları yürüttü.

Cumhuriyet Gazetesi ile birlikte “Bizim English” adında bir dergi çıkaran Alatlı, daha sonra Türk Yazarlar Kooperatifinde (YAZKO) başkan yardımcısı olarak görev aldı.

1985 ve 1986 yıllarında Edward Said’in “Haberlerin Ağında Islam” (Covering Islam) and “Filistin’in Sorunu” (The Question of Palestine) yayınlandı. Bu çalışmaları 1986’da Tunus’ta sürgünde olan Yaser Arafat tarafından “Özgürlük Madalyası” ile onurlandırıldı.

2006 yılında Rusya’da Mihail Aleksandroviç Şolohov 100. Yıl Edebiyat Ödülü’nü aldı.

2014 yılında edebiyat alanında Cumhurbaşkanlığı Kültür ve Sanat Büyük Ödülünün sahibi oldu.

2012 yılında Bülent Ecevit Üniversitesi; 2017 yılında Süleyman Demirel Üniversitesi tarafından fahri doktora payesi ile onurlandırıldı.

2005-2017 yılları arasında Kapadokya Meslek Yüksekokulu mütevelli heyet başkanı olarak görev yaptı. 2017 yılı itibariyle de Kapadokya Üniversitesi mütevelli heyet başkanı olarak görevini sürdürmekteydi.